Το Αρχαιολογικό Μουσείο Αγίου Νικολάου δημιουργήθηκε με σκοπό να εκθέτει ευρήματα από την ανατολική Κρήτη που μέχρι τότε μεταφέρονταν στο Μουσείο Ηρακλείου. Η έκθεση δεν έχει την οριστική της μορφή, καλύπτει όμως ένα τεράστιο χρονικό διάστημα από τη Νεολιθική Εποχή ως το τέλος της Ελληνορωμαϊκής περιόδου.